在復合中心鉆中，兩端的中心孔需要加工。為了保證孔位的精度，可以采用以下方法進行加工：

1.數控車床加工

數控車床可以進行各種孔的加工，包括兩端相對的中心孔。在加工過程中，需要在車床上夾緊復合中心鉆，使其兩端的中心線與車床的主軸中心線重合。然后使用車刀在兩端依次加工中心孔即可。

2.復合加工中心加工

復合加工中心除了具備數控車床的孔加工功能外，還可以進行多軸聯動和復雜輪廓的加工。在加工復合中心鉆的兩端中心孔時，可以將復合中心鉆夾緊在加工中心的主軸上，通過數控編程控制機床進行加工。

綜上所述，復合中心鉆的兩端中心孔可以通過數控車床和復合加工中心等設備來加工。